水體污染的危害是多方面的，這里簡單介紹一下水體污染對人體健康的影響。
● 引起急性和慢性中毒。水體受有毒有害化學物質污染后，通過飲水或食物鏈便可能造成中毒。著名的水俁病、痛痛病是由水體污染引起的。
● 致癌作用。某些有致癌作用的化學物質如砷、鉻、鎳、鈹、苯胺、苯并(a)芘和其他多環芳烴、鹵代烴污染水體后，可被懸浮物、底泥吸附，也可在水生生物體內積累，長期飲用含有這類物質的水，或食用體內蓄積有這類物質的生物(如魚類)就可能誘發癌癥。
● 發生以水為媒介的傳染病。人畜糞便等生物污染物污染水體，可能引起細菌性腸道傳染病如傷寒、痢疾、腸炎、霍亂等;腸道內常見病毒如脊髓灰質類病毒、柯薩奇病毒、傳染性肝炎病毒等，皆可通過水體污染引起相應的傳染病。1989年上海的'甲肝事件'，就是由水體污染引起的。在發展中國家，每年約有6000萬人死于腹瀉，其中大部分是兒童。
● 間接影響。水體污染后，?？梢鹚母泄傩誀類夯?，如某些污染物在一定濃度下，對人的健康雖無直接危害，但可使水發生異臭、異色，呈現泡沫和油膜等，妨礙水體的正常利用。銅、鋅、鎳等物質在一定濃度下能抑制微生物的生長和繁殖，從而影響水中有機物的分解和生物氧化，使水體自凈能力下降，影響水體的衛生狀況。
水體污染既可嚴重危害生態系統，還可造成嚴重的經濟損失。